Trước khi ẩn trốn

Vào sinh nhật lần thứ mười ba, ngày 12 tháng 6 năm 1942, Anne được bố tặng một tập vở mà Anne chỉ cho bố thấy khi hai cha con đang ở trong một hiệu sách vài ngày trước đó. Khi nhận món quà từ bố là tập vở có bìa vải hai màu trắng đỏ[14] với một khóa nhỏ, Anne quyết định dùng nó để viết nhật ký.[15] Cô bắt tay viết ngay những trang đầu, miêu tả chính mình, gia đình, bạn bè, những ngày ở trường, những cậu bé cô thích và những nơi chốn cô thường đến trong khu dân cư cô đang sống. Ngay từ những dòng chữ đầu, phần lớn nói về đời học trò, Anne đã bắt đầu đề cập đến những thay đổi đáng quan ngại từ khi người Đức đến chiếm đóng.[16] Ở vài chỗ, Anne miêu tả chi tiết sự đàn áp đang gia tăng như việc tất cả người Do Thái bị buộc phải mang dấu hiệu riêng là ngôi sao màu vàng khi họ ra ngoài, cùng những biện pháp hạn chế và bức hại đang phủ bóng đen lên cuộc sống của cộng đồng Do Thái tại Amsterdam.[17]

Tháng 7 năm 1942, Margot Frank nhận một lệnh triệu tập từ Văn phòng Di cư Do Thái (Zentralstelle für jüdische Auswanderung) yêu cầu cô đến một trại lao động. Khi ấy, Anne được bảo cho biết về một kế hoạch Otto đã vạch sẵn cùng các nhân viên thân tín mà Edith và Margot đã biết trước đó, theo kế hoạch này gia đình cô sẽ đến ẩn trốn ở các căn phòng bên trong những cơ sở của công ty tại Prinsengracht, một con đường chạy dọc theo các kênh đào ở Amsterdam. Chính lệnh triệu tập này khiến gia đình Frank phải tiến hành kế hoạch ẩn trốn trước dự định.[18]

Sống trong Achterhuis

Sáng thứ Hai, ngày 6 tháng 7 năm 1942,[19] gia đình Frank dời đến nơi ẩn náu. Căn hộ chung cư của họ bị xáo trộn để tạo ấn tượng rằng họ đã vội vàng bỏ trốn, Otto Frank để lại những ghi chép ngụ ý họ đến Thụy Sĩ. Để giữ bí mật họ buộc phải để lại con mèo Moortje của Anne. Khi ấy người Do Thái không được phép sử dụng các phương tiện giao thông công cộng, gia đình Frank phải đi bộ vài cây số, mặc trên mình nhiều lớp áo quần vì không dám mang xách hành lý.[20] Achterhuis (tiếng Hà Lan nghĩa là phần sau của ngôi nhà) của gia đình Frank là chỗ ẩn náu ba tầng lầu ở cuối tòa nhà nơi Miep Gies sống công khai với gia đình của bà. Lối vào Achterhuis đặt trên dãy văn phòng của công ty Opekta. Tại lầu một, họ có hai phòng nhỏ với phòng tắm và phòng vệ sinh kế cận, ở tầng trên là một căn phòng lớn và một phòng nhỏ kề bên. Trong căn phòng nhỏ này có một chiếc thang dẫn lên căn phòng áp mái bí mật. Cửa vào Achterhuis được che chắn bằng một kệ sách. Đây là một tòa nhà cổ trông giống nhiều tòa nhà khác tọa lạc ở khu phía tây Amsterdam.[21]

Những nhân viên của Otto Frank biết chỗ ẩn náu của gia đình ông là Victor Kugler, Johannes Kleiman, Miep Gies và Bep Voskuijl, cùng với Jan Gies, chồng của Gies và Johannes Hendrik Voskuijl, cha của Voskuijl, là những người ra sức giúp đỡ gia đình Frank trong lúc này. Đối với các thành viên gia đình Frank, những người này là đường dây duy nhất liên lạc với thế giới bên ngoài, cung cấp tin tức về chiến cuộc và về tình trạng kinh tế. Họ đem đến những thứ cần dùng, các loại nhu yếu phẩm và bảo đảm sự an toàn mặc dù sứ mạng này ngày càng khó khăn hơn. Anne viết về lòng tốt cũng như những nỗ lực của họ khích lệ tinh thần gia đình cô suốt trong những ngày hết sức khó khăn này. Khi ra tay giúp đỡ gia đình Frank, mỗi người trong số họ đều biết rằng nếu bị phát hiện họ phải đối diện với án tử hình vì tội chứa chấp người Do Thái.[22]

Cuối tháng 7, gia đình Frank có thêm những người khách mới thuộc gia đình Pels: Hermann, Auguste và cậu bé Peter mười sáu tuổi. Đến tháng 11, có thêm Fritz Pfeffer, một nha sĩ và là một người bạn của gia đình. Anne viết về niềm vui của cô khi có thêm những người bạn mới để trò chuyện, mặc dù cùng lúc cũng nảy sinh những khó khăn khi chỗ ở của họ trở nên chật chội vì quá đông người. Sau khi để Pfeffer ở chung phòng với cô, Anne mới nhận ra rằng ông Pfeffer thuộc mẫu người không thể chịu đựng nổi.[23] Cô cũng bất hòa với Auguste van Pels, người mà cô miêu tả là một kẻ đần độn. Anne xem Hermann van Pels và Fritz Pfeffer là những người ích kỷ, nhất là khi liên quan đến các vấn đề ăn uống.[24] Mối quan hệ với mẹ cô cũng trở nên căng thẳng, những dòng nhật ký cho thấy mẹ và con gái ngày càng xa cách.[25] Nhưng về sau Anne nhận ra rằng sự bất đồng với mẹ chỉ là do những hiểu lầm mà phần lỗi chia đều cho cả hai, cô cũng bắt đầu hiểu ra rằng không nên chất thêm gánh nặng trên vai mẹ. Từ đó, Anne tỏ ra thông cảm và tôn trọng mẹ hơn.[26][27] Dù đôi lúc có bất đồng với Margot, Anne cảm thấy một mối ràng buộc ngày càng thắt chặt hơn giữa cô và người chị.[28] Tuy nhiên, tình cảm sâu đậm hơn hết Anne dành cho cha.[29] Về sau, khi không còn e dè và bối rối giữa Anne và Peter van Pels, cô cậu trở nên thân tình hơn và từ đó nảy sinh tình cảm lãng mạn. Anne nhận nụ hôn đầu từ Peter van Pels, song tình cảm đắm đuối này phôi pha dần khi cô tự tra vấn mình xem đó có phải là cảm xúc thật hay chỉ là thứ tình cảm dành cho người đồng cảnh ngộ chia sẻ với nhau số phận của những con người đang bị giam cầm.[30][31]

Margot và Anne đều nuôi hi vọng sẽ quay lại trường, do đó cả hai tiếp tục tự học. Margot theo học một khóa tốc ký hàm thụ dưới tên Bep Voskuij, cô nhận được điểm cao trong khóa học này. Margot cũng viết nhật ký nhưng người ta tin rằng quyển nhật ký này đã bị thất lạc.[32]

Anne dành nhiều thì giờ để đọc sách, viết và hoàn chỉnh nhật ký. Không chỉ ghi chép lại những biến động trong cuộc sống, Anne còn ghi lại những cảm xúc, niềm tin và khát vọng của mình, những điều mà cô không biết thổ lộ cùng ai. Khi bị lôi cuốn nhiều hơn cũng như tự tin hơn khi cầm viết, và khi bắt đầu trở nên người trưởng thành, Anne quan tâm nhiều hơn đến các chủ đề trừu tượng như niềm tin vào Thiên Chúa và làm thế nào để nhận biết bản chất của con người.[32] Cô tiếp tục duy trì thói quen viết nhật ký mỗi ngày cho đến những dòng chữ cuối cùng đề ngày 1 tháng 8 năm 1944.[33]